Do dnia 31.12.1999 r. organem założycielskim i jednocześnie płatnikiem Szpitala był Wojewoda Warszawski.
Od dnia 1.01.2000 r. świadczenia finansuje wyodrębniony płatnik początkowo Mazowiecka Regionalna Kasa Chorych, a obecnie Narodowy Fundusz Zdrowia.